Program Studi Sarjana Sistem Informasi berada di bawah naungan Fakultas Teknik Universitas Trunojoyo Madura. Program Studi Sistem Informasi lebih berfokus pada pengintegrasian solusi berbasis teknologi informasi dengan proses bisnis untuk memenuhi kebutuhan informasi manajemen, yang memungkinkan tercapainya tujuan sebuah organisasi. Sebelum berdirinya Program Studi S-1 Sistem informasi berdiri pada tahun 2016, terdapat program studi D-3 Manajemen Informatika di UTM. S-1 Sistem Informasi didirikan untuk menjawab bagaimana cara menghubungkan bisnis dengan teknologi informasi. S1 Sistem Informasi UTM berdiri berdasarkan SK Menteri no. 78/KPT/I/2016 tepatnya pada 2 Maret 2016, berdasarkan LAKIP (Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintahan) UTM tahun 2016.